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11月30日論文紹介

発表者:日下石碧
日時:11月30日
タイトル:Patterns of among- and within-species variation in heterospecific pollen receipt: The importance of ecological generalization.

群集では、他種の花粉が柱頭に付着することが報告されている。
これにより訪花昆虫の送粉者相の質を評価することができる。
今回、3つの仮説を元に、各植物種がどのパターン(他種花粉:自種花粉)になっているかを評価した。




(URLは直リンクになっているので、ゼミ終了後に削除します。)
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by mushikusa | 2015-11-30 06:33 | むしくさセミナー

むしくさ 福岡

日時:11月25日
担当者:福岡
テーマ:環境DNAとマルチプレックスPCRを用いた複数魚種の同時検出

内容;現在、侵略的外来魚による捕食などにより、希少在来魚の減少つまりは生物多様性の減少が問題となっている。そのため、侵略的外来魚および希少在来魚の分布把握が急がれる。そこで、水中に存在する生物由来の環境DNAとマルチプレックスPCRを用いて、侵略的外来魚3種および希少在来魚3種の同時検出法を開発し、ため池での野外適用を行う。それらの分布データとの環境条件や空間情報の関係を探る。

また、より広域なダムにおいての適用可能性およびその手法を探る。
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by mushikusa | 2015-11-25 13:10 | むしくさセミナー

むしくさゼミ 冨田

日時:11月25日(水) 13:20〜
担当:源研究室 冨田勢
テーマ:環境DNA分析手法によるサンショウウオ属の検出系の開発

近年、生物多様性の減少が問題視されており、その中でも両生類の約41%が絶滅の危機に瀕している。
生物多様性の保全において生息域の把握は非常に重要であるが、従来の調査方法は時間・人員的コストが大きく、侵襲的である。源研究室では環境DNA分析手法を用いた水生生物の調査を行っており、この手法は水を汲むだけで行えるので非侵襲的であるため、希少種の調査に有効である。
今回は、私が卒業研究として行ってきた、日本固有の希少種であるサンショウウオ属(Hynobius)の環境DNA分析手法を用いた検出系開発について報告する。
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by mushikusa | 2015-11-25 10:31 | むしくさセミナー

むしくさゼミ 長井

日時:11/25(水)13:20~
担当:長井拓馬
タイトル:放棄地における里草地再生: 伝統的管理の再導入実験

人為的管理により創りだされた農業生態系が陸域面積の40%を占めている中で、人間活動の変化が生物多様性を減少させているという報告がある。半自然草地も人間活動が変化したことにより大きく減少しており、その場所に住んでいた生物の生息地は失われつつある。
しかしながら、日本の主な農業生態系である水田周辺には営農により半自然草地が維持されている。高い生物多様性が存在していることも明らかになってきたが、同時に高齢化に伴う耕作放棄が原因で、その多様性は失われつつあることも報告されている。
これらに存在する生物多様性を再生させることは重要であるが、現在まで日本での研究は進んではいなかった。
本研究では、水田畦畔に生息する植物の再生に必要な方法と環境条件について検討するために、神戸市と篠山市の2地域で実験を行った。
今回の中間報告では、2年間の実験により明らかになった植物種数と希少種の再生についての報告を行う。
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by mushikusa | 2015-11-25 00:52 | むしくさセミナー

論文紹介

Genome-wide patterns of divergence during speciation: the lake white fish case study

発表者:夏
日付:11.30
場所:F 260
時間:1:20 p.m.

INTRODUCTION
 種のGenotypeは、その種が生きている環境あるいはニッチに適応した統合されたシステムであるため、雑種形成における組み換えは遺伝子の不一致をもたらすとDobzhansky (1951)は推測した。(種間交雑による)遺伝子流動の均質化作用が存在する時、種分化がどのように起こるのかを理解するのは,進化生態学の大きな挑戦である。適応放散の生態的理論は、生物の新しい生息域への移動が適応をもたらし、異なる環境にさらされた集団は生存と生殖にかかわる特定の表現型と遺伝子型に放散(分化)するという仮説である。種分化の遺伝子的視点から見ると,分化をもたらす選択(divergent selection)は、他の遺伝子座より集団間で流動しにくい適応的遺伝子座をもたらすことによって、ゲノム内に不均質な遺伝的分化を作り出すはずである。これは、選択に影響されたゲノム領域に強い遺伝的分化をもたらすと同時に、遺伝子流動の均質効果が他の領域の分化を排除する。


http://rstb.royalsocietypublishing.org/content/367/1587/354.short
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by mushikusa | 2015-11-23 17:34 | むしくさセミナー

むしくさ

日時:11/18(水)13:20~
担当:朴 容煥
タイトル:韓国白頭大幹における環境変動に応じた歩行虫群集の変化

-地球温暖化などの気候変動は、種の分布、群集の形成過程などに影響を与え、生態系の中で重要な役割をする種の絶滅リスクを高めうる
-一般的に、山地は、植生と生息環境が高度と傾斜に応じて低地に比べて急激に変化するため、特定の環境に適応した動物相が現れる特徴があり、人間の活動が活発な低地と比較して、環境の保全状態が良好で、多様性が高い地域である
-韓半島の3面は海で大陸に通じる道は北しかない。これにより、北の寒い地方に適応した種が流れ込み、山地に分布している場合が多い。韓国の山はあまり高くないので(<2000m)、地球温暖化の進行に伴い高地へ移動するとは難しいと予想されるよって、地球温暖化の進行に伴い、寒い地方に適応したオサムシは大きな影響を受けると予想される
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by mushikusa | 2015-11-18 12:25 | むしくさセミナー

むしくさ 勝原

日時:11/18(水)13:20~
担当:勝原光希
タイトル:同所的に分布するツユクサとケツユクサにおける繁殖干渉

 繁殖干渉とは「配偶過程において適応度の低下をもたらすあらゆる種類の種間相互作用」を指す言葉である。繁殖干渉は、その強度が集団内の他種頻度に依存し、次世代への正のフィードバックをもたらすという性質から、競争排除を強く促進することが知られている。
 植物においては、他種花粉が柱頭につくことによる物理的な被覆、胚珠の天引き、雑種形成、等のメカニズムによって繁殖干渉が生じうると考えられている。また、強い競争排除を引き起こすという性質から、外来種が在来種を駆逐するメカニズムを説明するものとして、一方向的な繁殖干渉の検証例が多く報告されてきた。
 しかし、在来植物間同士での双方向的な繁殖干渉の報告例は非常に少なく、また、繁殖干渉のもっとも重要な性質である頻度依存性について、野外集団で検証が行われた例はない。
 そこで本研究では、野外でしばしば同所的に分布するツユクサ属の在来一年性草本2品種(ツユクサとケツユクサ)を用いて、ビニールハウスでの栽培・実験、野外調査地での観察を通して、野外集団で頻度依存的な繁殖干渉が存在するかどうか、について検証を行った。
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by mushikusa | 2015-11-18 10:42

後期統計ゼミ

後期統計ゼミ 第五回

日時:11/18(水) 12:20~
場所:B103

統計ゼミ第五回目を行います。
一般化線形混合モデル(GLMM)について説明します。

前回の授業でもアナウンスしましたが、GLMMを使用するためには新しいパッケージのインストールが必要なので、以下の手順で各自インストールをしてくるようお願いします。
Rを立ち上げる⇒パッケージ⇒パッケージのインストール⇒"Japna(Tokyo)"を選択⇒OK⇒"lme4"を選択⇒OK
これでインストール完了です。
Macの人は多少手順が違うかもしれません。でもだいたい同じはずです。たぶん。

データは前回使用したサンプルデータを引き続き使います。

かつはら
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by mushikusa | 2015-11-17 20:45

論文ゼミ 2015/11/16 邑上

紹介論文
THE ROLE OF MALE FLOWERS IN ANDROMONOECIOUS SPECIES: ENERGETIC COSTS AND SIRING SUCCESS IN SOLANUM CAROLINENSE L.

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1558-5646.2007.00031.x/full

ワルナスビを対象種として,1株に両性花と雄花をつける雄性両全性同種における雄花の役割について研究している論文を紹介させていただきます.
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by mushikusa | 2015-11-16 09:34

論文ゼミ 2015/11/16 黒田


http://www.jstor.org/stable/10.1086/603640

寄生者が寄主に対して特化することは,寄主から資源を搾取する持続可能な段階を確立するような適応を必要とする.真菌の寄主Ophiocordyceps属が感染したアリの”death grip”は,寄生者による寄主操作の最も劇的な例の一つである.仮説として,O.unilateralisは,繁殖成功を成し遂げるために,真菌の発達に最適な場所で寄主を死なせ,コロニーを形成し,安全に宿主から資源を搾取するという段階的に連続した形質の行動様式を進化させてきたとした.感染したアリの行動範囲を決定し,この区画に実験的に置いた寄主の中での寄生者の発生を調べることで仮説を検証した.
以上のような内容を発表します。
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by mushikusa | 2015-11-12 15:58